L’agent J n’a cessé de protéger la Terre des invasions extraterrestres durant les quatre années qui viennent de passer. Pour autant, il n’a pas encore trouvé de coéquipier au sein des Men in black. Alors que l’agence enquête sur un crime lié à des extraterrestres, elle met à jour un vaste complot qui, à terme, pourrait menacer la planète. Serleena, à la tête de ce sombre projet, est prête à tout pour parvenir à ses fins.