L’année 2035 n’est pas gaie. L’humanité a presque entièrement disparu, décimée par un mystérieux virus. Quelques survivants se terrent dans des catacombes. L’un d’eux, James Cole, est expédié directement en 1996, année du cataclysme, afin de comprendre l’implication dans l’affaire d’une mystérieuse organisation, l’Armée des douze singes. Cole espère aussi percer le mystère du rêve qui le hante depuis l’enfance : la mort violente d’un homme dans un aéroport.