Revenus victorieux du Mortal Kombat, les valeureux guerriers humains emmenés par Rayden ont à peine le temps de se remettre de leurs émotions. Ils disposent de six jours seulement pour sauver la Terre de l’invasion de créatures étranges. Les voilà face à une nouvelle bataille contre Shao-Kahn, l’empereur d’Outremonde.