Arashikage, un vieux clan japonais, accueille le solitaire Snake Eyes après que ce dernier sauve la vie d’un héritier. Dès son arrivée au Japon, le clan lui enseigne l’art d’être un guerrier ninja tout en lui procurant ce qu’il a toujours désiré : un chez-soi. Or, lorsque les secrets de son passé refont surface, l’honneur et l’allégeance de Snake Eyes sont mis à l’épreuve, mettant à risque la confiance de ceux qui lui sont proches.