À bord d’un vaisseau ptérodactyle pris à la flotte de Klingon, l’amiral Kirk, le navigateur Spock, le docteur McCoy et tout l’équipage reviennent sur Terre au XXIIIème siècle. La Terre est manacée par la disparition de baleines. Ils vont tenter de sauver l’espèce.