Du programme Treadstone, dont Jason Bourne était le cobaye, est né Outcome qui compte Aaron Cross parmi ses meilleurs agents. En ayant dévoilé une partie de cette organisation, Bourne a condamné ces hommes à être tous supprimés mais Aaron Cross réussit à échapper à l’assassinat. Il va être aidé par le docteur Shearing, une biochimiste du programme qui est également sur la liste des personnes à exécuter. Ils se rendent à Manille ensemble, où se trouve un virus qui pourra être utile à Cross.