Voici deux ans que Jason Bourne, ancien agent et tueur à gages de la CIA, et sa petite amie, Marie, fuient leurs ennemis en se méfiant de tout et de tous. Ils décident de trouver refuge dans le petit village de Goa, mais leur bonheur est de courte durée. En effet, Jason s’est toujours promis de punir ceux qui reviendraient lui nuire.