Une entité d’origine extra-terrestre sans précédent se dirige vers la Terre en détruisant tout sur son passage. L’équipage de l’`USS Enterprise’ est chargé de stopper ce nouvel ennemi. Alors que le Capitaine Decker se prépare à diriger la mission, il est relevé de ses fonctions et remplacé par le fameux Amiral Kirk, absent des commandes du vaisseau depuis trois ans.